Pociągi i lokomotywy jako eko projekt
PKP Intercity posiada już spory dobytek ekologiczny w postaci swojej pokaźnej floty pociągów. Pendolino, PesaDART i FLIRT3 zostały stworzone z zamiarem maksymalnego obniżenia emisji zanieczyszczeń w czasie eksploatacji. PKP Intercity na tym jednak nie poprzestało i z myślą o przyszłości tworzywa wykorzystane do budowy pociągów podlegają recyklingowi. Pociągi zostały zaprojektowane mając na uwadze innowacyjne metody wykorzystania energii wtórnej. Sieć linii kolejowych zwraca szczególną uwagę na połączenie ekologii z komfortem podróżujących, co można zauważyć chociażby w pociągach EZT, które mają wbudowane wygłuszenie akustyczne zmniejszające hałas odbierany przez podróżujących oraz załogę pociągu. Nie bez znaczenia pozostaje również zmniejszona emisja hałasu przez sam pociąg, co chroni przyrodę ożywioną. Z kolei energia napędzająca pociąg częściowo pozyskiwana jest w trakcie hamowania, co jeszcze bardziej zmniejsza oddawanie spalin i szkodliwość dla środowiska. Poza pojazdami EZT, również maszyny SM/SU SU160 zostały udoskonalone, by sprostać najnowszym normom emisji spalin. 

Kompleksowo ekologiczna obsługa maszyn
PKP Intercity wyjątkowo restrykcyjnie przestrzega przepisów europejskich związanych z normami emisji zanieczyszczeń. Dotyczy to nie tylko użytkowania ekologicznych maszyn, ale również całego procesu związanego z ich obsługą. Wszelkie środki przeznaczone do czyszczenia, konserwacji, czy koniecznych napraw zapewniają maksymalną ochronę środowiska.  Nie bez znaczenia pozostaje również dbałość o segregację odpadów komunalnych i przemysłowych, które mogą zostać ponownie wykorzystane podczas recyklingu. PKP Intercity ma odpowiednio opracowaną procedurę pozwalającą na skrupulatny recykling oraz sprawny wywóz odpadów, który pozwala na zminimalizowanie szkodliwości dla przyrody. 

Miliardowe inwestycje w ekologie 
Plan modernizacji PKP Intercity obejmuje unowocześnienie 15 stacji postojowych. Na ten cel przewoźnik zamierza przeznaczyć 7 mld złotych. Obsługa pociągu i lokomotyw zostanie wsparta automatycznymi myjniami z własną oczyszczalnią ścieków. 7 nowoczesnych myjni pozwoli na odzyskiwanie wody szarej, co zmniejszy zanieczyszczenie gruntów. Technologia wykorzystana do produkcji myjni pozwoli na samowystarczalność, ponieważ energia potrzebna do pracy myjni będzie pozyskiwana z paneli fotowoltanicznych. Z kolei system zbierania wody deszczowej zminimalizuje zużycie wód gruntowych. 

Moderacja bocznic kolejowych
7-letni plan unowocześnienia bocznic kolejowych przewiduje modernizacje o łącznej wartości ponad 900 mln. 76 ze 150 inwestycji ma zostać zrealizowanych już w 2019 roku. Miasta takie jak: Wrocław, Warszawa, Gdynia, Przemyśl, Lublin, Kraków, Szczecin i Poznań najszybciej odczują zmiany w postaci zwiększonego komfortu podróży trasami PKP Intercity. 

Posiłki w pojemnikach z ekologicznych tworzyw
Ekologiczne modernizacje obejmują nie tylko pociągi i bocznice, ale także ekologiczne rozwiązania w obsłudze pasażerów. PKP Intercity do tej pory zrezygnowało np. z pojemników ze sztucznych tworzyw do serwowania posiłków, które są zastępowane tworzywem z trzciny cukrowej i papieru. Z kolei w przypadku pociągów EIC oraz Pendolino (EIP) załoga posługuje się porcelanowymi naczyniami oraz tradycyjnymi sztućcami z metalu. Część pociągów korzysta jeszcze z plastikowych sztućców, ale PKP Intercity przygotowuje się już na zmiany przepisów dotyczących eksploatacji surowców plastikowych i sprawdza powodzenie używania sztućców wykonanych z tworzyw ekologicznych.
Z kolei pasażerowie coraz częściej mogą korzystać z toalet z systemem obiegowym, który nie pozwala na zanieczyszczenie gruntów i źródeł wody.  
,,Kolej jest najbardziej ekologicznym środkiem transportu spośród tych, z którymi w największym stopniu konkuruje. Jest transportem przyszłości, doskonale wpisującym się w ideę zrównoważonego transportu” – mówi Marek Chraniuk, Prezes Zarządu PKP Intercity. Dlatego ekologiczne rozwiązania PKP Intercity są wprowadzane już od 9 lat. Zobowiązanie do stosowania nowoczesnych technologii zmniejszających emisję zanieczyszczenia zostało podjęte w 2015 roku przy jednoczesnej zmianie Polityki Środowiska.  Od tamtej pory PKP Intercity dokłada wszelkich starań, by ich działalność podlegała wszelkim europejskim normom emisji zanieczyszczeń, a często wychodzi nawet ponad to.